故事的開(kāi)始是一名叫“吉”的少年在進(jìn)行試煉，試煉結(jié)束后出現(xiàn)了三位老者，其中一位被稱作教授，從他們的對(duì)話中可以看出，準(zhǔn)備讓其完成一項(xiàng)非常重要的任務(wù)。

隨后少年在菲娜的家中蘇醒，并且失去了所有的記憶，從菲娜的口中得知自己是被菲娜的父親從魔法森林中找到的，隨即決定前往魔法森林尋找失去的記憶。

通過(guò)四方打聽(tīng)，終于在村子中找到了一把舊寶劍，少年帶著舊寶劍前往森林深處，一路殺怪前進(jìn)，直到在魔法森林的深處遇到了被蘑菇怪所困住的菲娜。

正義感十足的少年，使用寶劍將菲娜身邊的蘑菇怪全部消滅，這也受到了菲娜的認(rèn)可，并準(zhǔn)備幫助少年尋找失去的記憶，并為這個(gè)少年起了一個(gè)好聽(tīng)的名字“庫(kù)洛”。

菲娜是一名魔力擁有者，擁有自然的魔法，在菲娜的幫助下，庫(kù)洛可以發(fā)動(dòng)自然魔法攻擊。

兩人也成功的到達(dá)了庫(kù)洛被發(fā)現(xiàn)時(shí)的地點(diǎn)，但是這個(gè)地點(diǎn)出現(xiàn)了三個(gè)魔族，他們似乎正在醞釀著什么陰謀，并放出了森林守護(hù)者，準(zhǔn)備使其攻擊村的。

庫(kù)洛和菲娜兩人為了保護(hù)村子和森林守護(hù)者展開(kāi)了戰(zhàn)斗，并成功的將森林守護(hù)者消滅掉，森林守護(hù)者被消滅掉之后，身上溢出的能量激活了旁邊的馬基石，好奇的兩人前往馬基石旁邊進(jìn)行查看，無(wú)意中激活了馬基石，穿越到了古代。

此時(shí)，兩人只覺(jué)一陣天旋地轉(zhuǎn)，隨后發(fā)現(xiàn)周?chē)膱?chǎng)景似乎有一點(diǎn)點(diǎn)不一樣的地方，但也沒(méi)有過(guò)多的追究，因?yàn)橐R上返回村子，告訴村民們有魔族活動(dòng)的跡象。

在返回的路上就發(fā)現(xiàn)有許多不一樣的地方，直到來(lái)到河邊上橋之后，菲娜才發(fā)現(xiàn)自己的村子已經(jīng)沒(méi)有了，兩人猜測(cè)應(yīng)該是之前的戰(zhàn)斗，嚇得村民們都躲進(jìn)了山里。

之后兩人決定前往山里尋找村民，在村子原來(lái)的位置看到了一個(gè)正在釣魚(yú)的人，此時(shí)的菲娜只是感覺(jué)這個(gè)人和自己的父親非常相似，也沒(méi)有多想，和庫(kù)洛一起來(lái)到了灰熊通道。

費(fèi)盡千辛萬(wàn)苦，兩人穿過(guò)了迷宮一般的灰熊通道，在盡頭發(fā)現(xiàn)了一名被士兵圍捕的魔族女子，從魔族女子的話語(yǔ)中可以她是從吉落教授的實(shí)驗(yàn)室逃出來(lái)的。

最終極樂(lè)放走了這個(gè)魔女，并幫助他阻攔了追擊的士兵，但是也被達(dá)爾金抓進(jìn)了地牢。

地牢之中有大量的士兵把守，地圖復(fù)雜難走，庫(kù)洛在地牢中也被沒(méi)收了武器，在菲娜的陪伴下，庫(kù)洛走出了迷宮一般的地牢，找到了武器，來(lái)到了帝國(guó)的競(jìng)技場(chǎng)。

在競(jìng)技場(chǎng)中通過(guò)達(dá)爾金和洛泰爾的對(duì)話，了解到魔女似乎對(duì)吉洛教授有很重要的作用，魔女的身份很特殊。

之后洛泰爾和瑪古斯的對(duì)話中透露出吉洛教授正在秘密制作一種殺傷力很強(qiáng)的武器，這項(xiàng)武器很有可能被用來(lái)對(duì)付魔族。

畫(huà)面進(jìn)入競(jìng)技場(chǎng)，在競(jìng)技場(chǎng)中庫(kù)洛遇到了一個(gè)強(qiáng)大的敵人蒙諾斯。

蒙諾斯是一個(gè)神秘的魔族，有著強(qiáng)大的魔法技能-一招從天而降的掌法，在競(jìng)技場(chǎng)中被庫(kù)洛擊敗之后，帶著庫(kù)洛從競(jìng)技場(chǎng)的秘密通道逃了出去。

之后庫(kù)洛的隊(duì)伍中增加了一個(gè)強(qiáng)大的戰(zhàn)士蒙諾斯，庫(kù)洛也多了一項(xiàng)技能，一行人沿著地下道來(lái)到了熱那亞。

此時(shí)蒙諾斯和庫(kù)洛的身份都屬于被通緝狀態(tài)，為了能夠出城一行人來(lái)到旅館，找到內(nèi)院中的瑪?shù)聜?，為了出?chǎng)需要獲得150金幣，菲娜為此打了兩份工，獲得足夠的金幣后，得到了出城的地下通道鑰匙。

在此期間通過(guò)和士兵的聊天也能發(fā)現(xiàn)一些時(shí)間線上的端倪，此時(shí)正處于帝國(guó)和魔族的決戰(zhàn)時(shí)刻。

庫(kù)洛等人出城之后準(zhǔn)備前往永夜之森，在準(zhǔn)備過(guò)橋時(shí)，發(fā)現(xiàn)橋被帝國(guó)的士兵控制著無(wú)法過(guò)去，這是蒙諾斯發(fā)動(dòng)了技能將一塊巨大的石頭搬上地橋，擋住了帝國(guó)的士兵。

永夜之森一共有六只鬼，當(dāng)幾人消滅六只鬼之后，發(fā)現(xiàn)前面的道路還是無(wú)法通行，隨后找到了永夜之森中的怪物雅塔伊，雅塔伊是一只整日與鬼魂打交道的怪物，在庫(kù)洛等人擊敗6只鬼后也沒(méi)有為難他們，讓他們?nèi)隧樌耐ㄟ^(guò)了永夜之森進(jìn)入魔族的領(lǐng)地。

此時(shí)才發(fā)現(xiàn)原來(lái)蒙諾斯是魔族的王子，在魔族的身份很高，庫(kù)洛和菲娜之后來(lái)到了魔族族長(zhǎng)的帳篷內(nèi)，在蒙諾斯和族長(zhǎng)的對(duì)話之中發(fā)現(xiàn)魔族已經(jīng)處于岌岌可危的狀態(tài)。

此時(shí)蒙諾斯的孩子力諾出現(xiàn)了，然而力諾對(duì)庫(kù)洛和菲娜并無(wú)任何好感，認(rèn)為所有的人類都是壞的，和蒙諾斯吵了一架，跑了出去。

庫(kù)洛三人隨后來(lái)到了魔族后面的懸崖上，此處正有一個(gè)石碑，正是馬基石。

此時(shí)地面突然震動(dòng)起來(lái)，蒙諾斯的兒子力諾也跑了過(guò)來(lái)，在力諾的口中得知此時(shí)帝國(guó)軍隊(duì)正在攻打魔族。

隨后瑪古斯帶領(lǐng)著帝國(guó)士兵走了上來(lái)，此時(shí)瑪古斯的注意力都在蒙諾斯身上，蒙諾斯讓兒子力諾趕緊逃跑，自己和庫(kù)洛等人留了下來(lái)。

蒙諾斯上前和瑪古斯對(duì)峙，從瑪古斯的口中得知原來(lái)他們是跟隨著庫(kù)洛一行人來(lái)到了魔族領(lǐng)地，此時(shí)的蒙諾斯后悔不已，但也為時(shí)已晚。

就在此時(shí)瑪古斯對(duì)蒙諾斯發(fā)動(dòng)了魔法攻擊，蒙諾斯被身后的菲娜提醒躲過(guò)了魔法攻擊，但是瑪古斯的魔法擊中了身后的馬雞時(shí)。

庫(kù)洛三人在瑪古斯的眼中瞬間消失了。

原來(lái)瑪古斯的魔法觸發(fā)了馬基石的時(shí)空穿梭功能，庫(kù)洛三人穿越到了未來(lái)。

庫(kù)洛和菲娜兩人經(jīng)歷了兩次時(shí)空的穿梭，已經(jīng)有了一點(diǎn)經(jīng)驗(yàn)，第1次穿梭時(shí)空的蒙諾斯醒來(lái)之后沒(méi)有發(fā)現(xiàn)自己的族人和兒子，情緒異常的激動(dòng)，獨(dú)自跑下懸崖。

此時(shí)懸崖之下多出一個(gè)巨大的雕像，這個(gè)雕像就是洛泰爾，并在上面記錄了魔族被消滅的事件。

蒙諾斯一時(shí)之間無(wú)法接受真相，在庫(kù)洛和菲娜的勸說(shuō)下，蒙諾斯重新振作了起來(lái)。

幾人離開(kāi)懸崖之后來(lái)到了永夜森林，而此時(shí)的永夜森林也發(fā)生了巨大的變化，通往外面的橋上，被一塊更大的石頭擋住，幾人找到了永夜森林的怪物雅塔伊，希望雅塔伊能夠幫助他們移開(kāi)橋上的巨石。

此時(shí)的雅塔伊是非常的憤怒的，對(duì)庫(kù)洛幾人發(fā)動(dòng)的猛烈的攻擊，但是被庫(kù)洛教訓(xùn)一頓后徹底老實(shí)了下來(lái)，并交給庫(kù)洛一塊瑪納。

在比比的帳篷中，蒙諾斯利用瑪納完成了覺(jué)醒，擁有了更強(qiáng)的魔法攻擊能力。

此時(shí)三人再次來(lái)到大橋上，利用蒙諾斯強(qiáng)大的技能，擊碎了橋上的石塊。

骷髏等人也終于走出了永夜之森，但是外面的場(chǎng)景令三人目瞪口呆，原本龐大的魔法森林變成了一片廢墟。

三人準(zhǔn)備前往熱那城打探消息，此時(shí)的熱那城還是如此的繁榮，熱那城中出現(xiàn)了許多先知的信徒。

三人隨即來(lái)到商人公會(huì)，從商人身上了解到了熱那城目前的狀況。

此時(shí)三人也捋清了一些時(shí)間線索，蒙諾斯處于魔族和帝國(guó)交戰(zhàn)時(shí)期，非那處于帝國(guó)勝利后的繁榮時(shí)期，現(xiàn)在他們處于韋納是那段時(shí)期之后的50年。

在此期間這片大陸發(fā)生了一場(chǎng)非常大規(guī)模的爆炸，這場(chǎng)爆炸導(dǎo)致帝國(guó)的衰落，而商人漸漸成為了城市的領(lǐng)導(dǎo)者。

此時(shí)的菲娜和蒙諾斯發(fā)生了爭(zhēng)執(zhí)，蒙諾斯希望穿越回他的年代，幫助魔族抵御帝國(guó)的軍隊(duì)，保住魔族一脈。

然而菲娜認(rèn)為，如果穿越回蒙諾斯的年代，那么將會(huì)改變歷史，后續(xù)會(huì)發(fā)生很多變化，菲娜或許都不會(huì)存在。

最終庫(kù)洛還是決定嘗試將兩種結(jié)局全都改變，隨即前往圖書(shū)館，在圖書(shū)館中了解了許多關(guān)于馬基石的信息，得知找到時(shí)空之石可以修復(fù)馬基石，隨意的穿梭時(shí)空。

馬基石是200年前馬基時(shí)代的產(chǎn)物，傳說(shuō)中有穿越時(shí)空的功能，但是沒(méi)人試過(guò)，想要找到馬基石，需要從西拉港坐船前往馬基島。

三人決定先前往先知塔找到時(shí)空之石，然而發(fā)現(xiàn)先知之塔守衛(wèi)森嚴(yán)無(wú)法進(jìn)去，完成試煉之后，三人進(jìn)入風(fēng)之谷內(nèi)，在風(fēng)之谷的盡頭找到了飛行器。

隨即展開(kāi)了一場(chǎng)飛行大戰(zhàn)，最終到達(dá)先知之塔的頂部，在三人即將取得時(shí)空之石時(shí)，先知出現(xiàn)了。

在先知的口中，庫(kù)洛成了末日使者，隨即和庫(kù)洛展開(kāi)了一場(chǎng)激烈的戰(zhàn)斗，最終庫(kù)洛將先知打敗取得了時(shí)空之石。

但是先知的一番話引起了菲娜和王諾亞的猜測(cè)，大災(zāi)變時(shí)期先知，還是一個(gè)孩子，親眼目睹了庫(kù)洛引發(fā)了大災(zāi)變，爆炸和洪水毀滅的這片土地。

但是最終菲娜和蒙諾斯還是選擇了相信他，從先知之塔出來(lái)之后，在路上碰到了一個(gè)藍(lán)色皮膚的女子，這名女子似乎和庫(kù)洛認(rèn)識(shí)，得知庫(kù)洛獲得時(shí)空之石后，轉(zhuǎn)身走開(kāi)了。

庫(kù)洛等人在西拉港乘坐小船來(lái)到馬基島，將時(shí)空之石安裝在祭壇上，成功的激活了馬基石。

三人來(lái)到馬基石旁邊，對(duì)馬基石展開(kāi)了一番研究，菲娜和庫(kù)洛無(wú)意中觸發(fā)了馬基石的功能穿越回了菲娜的年代。

穿越過(guò)來(lái)之后，菲娜和庫(kù)洛覺(jué)的命運(yùn)似乎被一雙無(wú)形的大手在控制著。

而此時(shí)旁邊出現(xiàn)一個(gè)蘑菇頭女孩，他是一位考古學(xué)者，對(duì)各種歷史遺跡有著濃烈的好奇心，而她正是被海盜抓了起來(lái)，關(guān)押在這里的。

之后蘑菇頭加入的隊(duì)伍一起離開(kāi)了這座神秘的小島，來(lái)到了熱亞那，庫(kù)洛也獲得了冰凍能力。

通過(guò)調(diào)查發(fā)現(xiàn)5個(gè)孩子似乎和大災(zāi)變有關(guān)，幾個(gè)人正在策劃一場(chǎng)大湮滅事件。

通過(guò)跟蹤調(diào)查發(fā)現(xiàn)5個(gè)孩子有一個(gè)秘密基地，庫(kù)洛等人集齊了5把鑰匙，找到了秘密基地，跟隨策劃這起事件的孩子來(lái)到了秘密基地的深處。

在即將抓住這名孩子的時(shí)候，出現(xiàn)了三個(gè)魔族將孩子提前控制了起來(lái)。

在魔族的旁下得知孩子口中的大湮滅事件，就是一場(chǎng)煙花，此時(shí)庫(kù)洛和菲娜也認(rèn)出了這三個(gè)人，就是在魔法森林中喚醒森林守護(hù)者的魔族。

這三名魔族也成了大災(zāi)變事件的最終嫌疑人，庫(kù)洛三人和這三名魔族展開(kāi)了一場(chǎng)較量，依次打敗了李子和櫻桃。

最終在實(shí)驗(yàn)室的門(mén)口遇到了最后一個(gè)魔族，此時(shí)，庫(kù)洛和菲娜也認(rèn)出了這個(gè)魔族，原來(lái)是蒙諾斯的兒子力諾。

力諾一直以為魔族的滅亡是由庫(kù)洛等人引起的，而且他的父親也是被害死的，所以一直仇視人類，想要?dú)缛祟悺?/p>

為了阻止大災(zāi)變的發(fā)生，庫(kù)洛消滅了力諾，最終走進(jìn)了實(shí)驗(yàn)室的大門(mén)。

在實(shí)驗(yàn)室的門(mén)口，有一個(gè)吉洛教授的全息投影從吉洛教授留下來(lái)的信息中得知，吉洛教授也是時(shí)間穿梭者。

隨后庫(kù)洛等人在實(shí)驗(yàn)室中發(fā)現(xiàn)了許多吉洛教授樓留下來(lái)的全息投影，在這些信息中得知吉洛教授是為了抓捕一名女子，雖然抓到了他，但是卻無(wú)法消滅他，只能夠提取他體內(nèi)的能量，削弱他的能力。

最終庫(kù)洛他們還是找到了吉洛教授研究出來(lái)的武器，似乎已經(jīng)阻止了大災(zāi)變的發(fā)生，但是突然之間庫(kù)洛失去了自制力，似乎有一個(gè)人在操控著他，來(lái)到大災(zāi)變武器前面啟動(dòng)了開(kāi)關(guān)發(fā)動(dòng)了大災(zāi)變。

當(dāng)幾人醒過(guò)來(lái)時(shí)，發(fā)現(xiàn)身邊多了一個(gè)藍(lán)皮膚的女子，原來(lái)這名女子就是當(dāng)初庫(kù)洛和菲娜，在灰熊通道盡頭救助的女子。

在這位名叫西里斯的女子口中得知，想要改變結(jié)局，需要收集時(shí)空碎片，自然碎片，火之碎片，土之碎片，冰之碎片，5個(gè)碎片，將他們組合成馬基鑰匙，就能改變結(jié)局。

并了解了每一個(gè)碎片的收集方法和位置，5種碎片分別藏在不同的時(shí)間中，所以需要在不同的時(shí)間段來(lái)回的穿梭。

所以庫(kù)洛等人出去之后，首先來(lái)到了馬基島，在馬基島上遇到了蒙諾斯，并給蒙諾斯講述了事情的經(jīng)過(guò)。

雖然蒙諾斯開(kāi)始對(duì)西里斯保持著不信任的態(tài)度，但是在庫(kù)洛等人的勸說(shuō)之下，還是決定相信他一起加入隊(duì)伍，共同尋找碎片。

之后四人穿越回了古代（蒙諾斯的時(shí)代）幫助海盜船長(zhǎng)送了一封情書(shū)，獲得了一面海盜船長(zhǎng)贈(zèng)送的旗子。

然后穿越回了未來(lái)，在先知之塔上拿走了損壞的飛行器，穿越到現(xiàn)代在熱那亞自己購(gòu)買(mǎi)的房子中得到帝國(guó)勛章。

然后前往風(fēng)之谷，將飛行器交給風(fēng)之谷中的西德，然后回到了未來(lái)，再次來(lái)到風(fēng)之谷，發(fā)現(xiàn)風(fēng)之谷已經(jīng)變了模樣。

四人來(lái)到風(fēng)之谷的最頂端，發(fā)現(xiàn)西德將飛行器留了下來(lái)，但是現(xiàn)在卻神奇的消失了，為了補(bǔ)償庫(kù)洛，他們?cè)试S庫(kù)洛使用下面的馬基石。

庫(kù)洛等人通過(guò)這個(gè)馬基石穿越到了馬基時(shí)代（馬基時(shí)代的畫(huà)風(fēng)和庫(kù)洛在訓(xùn)練時(shí)的畫(huà)風(fēng)一致，讓人不得不能想到庫(kù)洛或許就是從這里穿越過(guò)去的）。

凡人發(fā)現(xiàn)馬基時(shí)代居然有一個(gè)巨大無(wú)比的時(shí)空漩渦，四人利用超級(jí)大炮進(jìn)入時(shí)空漩渦，在時(shí)空漩渦中找到了被修復(fù)的飛行器和時(shí)空碎片。

隨后四人返回未來(lái)，并可以乘坐飛行器在天空中飛行，找到馬基島后穿越到了現(xiàn)代，并找到了海盜的巢穴，拿出海盜船長(zhǎng)交給他的那面旗進(jìn)入了海盜島，在海盜島中擊敗所有人之后，獲得了火之碎片。

得到火之碎片后一行4人，重新穿越到了過(guò)去，來(lái)到了左上角的一片紅色大陸上，在這里見(jiàn)到了曾經(jīng)關(guān)押庫(kù)洛的上校達(dá)爾金。

達(dá)爾金也認(rèn)出了庫(kù)洛等人，此時(shí)的達(dá)爾金正面臨著一場(chǎng)瑪古斯的陰謀，在瑪古斯的計(jì)劃中首先征服魔族，然后帶領(lǐng)魔族推翻帝國(guó)，建立自己的王國(guó)。

庫(kù)洛等人隨機(jī)表示愿意幫助達(dá)爾金粉碎瑪古斯的陰謀，但是達(dá)爾金只能聽(tīng)命于帝國(guó)，而不可以違背軍人的意志，聽(tīng)從庫(kù)洛的安排，但是當(dāng)庫(kù)洛拿出帝國(guó)勛章之后，達(dá)爾金決定和庫(kù)洛一起消滅魔法師。

隨后庫(kù)洛和達(dá)爾金一起帶領(lǐng)著眾人將魔法師全部消滅，并擊敗了瑪古斯獲得了土之碎片，此時(shí)眾人才知道原來(lái)達(dá)爾金一開(kāi)始就發(fā)現(xiàn)了帝國(guó)勛章的問(wèn)題，但是為了帝國(guó)的未來(lái)還是裝作不知道，羈絆了魔法師之后，達(dá)爾金決定前往皇帝面前領(lǐng)罪。

為了尋找冰之碎片，庫(kù)洛等人穿越到了未來(lái)世界，在未來(lái)世界找到了冰凍大陸，在山洞中找到了一塊馬基石啟動(dòng)穿越回了古代。

此時(shí)的冰凍大陸上還有大量的維京人，庫(kù)洛在這里完成了維京人的考驗(yàn)，找到了風(fēng)神之書(shū)，將這本書(shū)交給了蘑菇頭的故人，從而獲得了冰之碎片。

最后幾人來(lái)到了風(fēng)之森林，發(fā)現(xiàn)這里并不受時(shí)間的約束，無(wú)論是古代現(xiàn)代還是未來(lái)，這里都保持著原來(lái)的時(shí)間。

菲娜也在這里了解了自己的身世，原來(lái)自己身上一直都有精靈的血脈，所以擁有自然的能力。

在古代時(shí)期，菲娜村子口釣魚(yú)的男人原來(lái)就是菲娜的爺爺，菲娜告訴爺爺，讓菲娜的奶奶在懸崖處等菲娜。

當(dāng)幾人再次穿越回現(xiàn)代時(shí)，懸崖旁出現(xiàn)了一顆精靈之眼，拿到精靈之類的幾人回到風(fēng)之森林取得了自然碎片。

集齊碎片的庫(kù)洛等人找到了西里斯，在希里斯的操作下，5枚碎片結(jié)合成了馬基鑰匙，最終改變了歷史，抹除了大災(zāi)變。

但是隨即幾人就發(fā)現(xiàn)了西里斯的異常，接著西里斯開(kāi)始為庫(kù)洛解答疑惑，原來(lái)西里斯從小就擁有很強(qiáng)大的能量，但是被吉洛教授抓住之后，體內(nèi)的大部分能量都被抽取了出來(lái)。

然而現(xiàn)在抹除了大災(zāi)變，也就抹除了實(shí)驗(yàn)室的存在，西里斯的能量全部回歸到了體內(nèi)，西里斯的使命就是消滅時(shí)間守護(hù)者，終結(jié)時(shí)間。

庫(kù)洛決定保護(hù)時(shí)間守護(hù)者隨后和西里斯展開(kāi)了戰(zhàn)斗。

游戲的最后庫(kù)洛擊敗了西里斯，和西里斯一起消失在了時(shí)間的盡頭。

外面只剩下菲娜一個(gè)人獨(dú)自守候，等待著庫(kù)洛的歸來(lái)。

接著畫(huà)面不斷跳轉(zhuǎn)，庫(kù)洛所經(jīng)歷的人物畫(huà)面一一閃現(xiàn)，所有的事情都向著好的方向發(fā)展，只有一位白頭發(fā)的老頭在時(shí)間漩渦中打掃衛(wèi)生。

最后，菲娜建造了一個(gè)實(shí)驗(yàn)室，在實(shí)驗(yàn)室中出現(xiàn)了一個(gè)和庫(kù)洛一模一樣的人。

最后的最后，庫(kù)洛在斐娜的房間醒來(lái)，似乎重新回到了起點(diǎn)，或許這就是時(shí)間的循環(huán)，或許這是新的開(kāi)始。

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